Организационная структура образовательной организации представлена в виде иерархического набора отделов и сотрудников.
Главный руководящий орган образовательной организации – «Министерство общего и профессионального образования Ростовской области», которому подчиняется директор образовательной организации. В своем подчинении Директор имеет «Совет отцов», «Совет старшеклассников», «Попечительский совет», «Педагогический совет», заместителя по учебной работе, заместителя по воспитательной работе, главного бухгалтера, заместителя по АХЧ, заведующую столовой. Заместителю директора по учебной работе подчиняются учителя. Заместителю директора по воспитательной работе подчиняются воспитатели. Главному бухгалтеру подчиняются бухгалтера, кадровик, экономист. Заместителю по АХЧ подчиняется младший обслуживающий персонал. Заведующая столовой руководит поварами и кухонными работниками. Структуру образовательной организации ГБОУ РО «Каменск-Шахтинская школа-интернат» дополняют СЮТ, спортивная школа, дом детского творчества, ЮФУ, ЮРГТУ, МГСУ, отделы администрации города, Рособрнадзор, Роспотребнадзор, пожарный надзор, Горздравотдел, КДН г. Каменск-Шахтинского, полиция, с которыми ОО взаимодействует.
ГБОУ РО «Каменский генерала Ф.П. Денисова казачий кадетский корпус» структурных подразделений не имеет.